商標登録出願手続は、願書を特許庁に提出し、審査を経て、登録料を納付して権利が発生するまでの一連の手続です。審査において登録要件の不備が発見されて拒絶理由通知が出された場合に、それに対応することも出願手続の一環です。
また、出願手続の前提として、調査が商標では不可欠です。

確かにIPDLでかなりの調査はできると思います。しかし、調査を行うためには基本として4つの知識が必要です。一つは、商標がどのように読まれるかを考える力。二つ目が商標を使用する商品・役務が特許庁審査基準のどこの区分・類似群に該当するかを判別する力、三つ目が「識別力」の有無を判断する力、四つ目が「類否」を判断する力です。
知的財産部のある会社で調査して類似する商標が発見されなかったとき、後に弁理士に調査をすると、類似する商標が発見される、という例も少なくありません。
商標業務は「調査」なしには語れないのです。
商標の代理人として、最も重視している点は「侵害の未然防止」。
すなわち、他人の登録商標に類似した商標を依頼者が使用しないことです。
もしこれを放置すれば、依頼者は「商標権侵害」を犯すこととなり、多大な損害を負うおそれがあるからです。
商標は大手企業では自社出願する場合が多いが、調査は弁理士が関与する例が多いようです。その結果、極めて高い登録率となっています。

例えば次のような例があります。
例1）有楽　→　ユウラク、ウラク
例2）POPEYE　→　ポパイ、POP EYE→ポップアイ
例3）GREEN FOCUS　→　フォーカス
（GREENには識別力がないので「フォーカス」とも読まれる）